Позволяют исследовать габаритные объекты или объекты, расположенные в специальной посуде (чашках Петри, колбах). Кроме того, на инвертированных микроскопах можно производить работы с объектом при помощи специальных устройств — манипуляторов.
Стереомикроскопы, в отличие от микроскопов плоского поля, дают объёмное изображение объекта исследования, а также обладают большей глубиной резкости, что позволяет изучать образцы различной формы, при этом поверхность может быть не обязательно ровной.
Поляризационный микроскоп применяется для изучения взаимодействия образцов с поляризованным светом. Нередко при помощи поляризованного света удается выявлять структуру объектов, лежащую за пределами обычного оптического разрешения.